최근 경제 불황을 감안해 국내 주요 대학들의 등록금 동결이 전국적으로 확산되는 가운데, 모교도 12월 1일 등록금 동결을 선언했다손병두 총장은 ‘교직원 제위에게 보내는 글’을 통해 “경영상의 어려움이 예상되지만 경제위기를 맞아 학부모님들과 학생들이 겪을 고통에 동참하고자 내년 등록금을 동결하기로 했다”고 밝혔다. 손 총장은 등록금 동결에 따른 예산상의 어려움에 대해“변동성 예산을 20% 삭감하는 초긴축 재정운영을 택하겠다”며“경비지출과 신규 인력 충원을 최대한 억제하고 공공요금 지출을 절약하겠다”고 공지했다.

2008학년도 2학기 모교 등록금은 인문사회계열 349만 6000원, 자연과학계열 408만 8000원, 공학계열 456만 9000원 등이었다.